父政直と同じように、井伊氏の家老の身でありながら井伊氏に謀反の兆しありと讒訴した人物です。しかし、政直の時とは幾分事情が違ったりもします。
出自
残されている資料も少なく、やはり誕生年は不明です。兄弟が一人おり、小野朝直と言います。政直が没した後、政次が小野氏の家督を継いだことからも、おそらくは政次が長子だったのではないかと思われますが、朝直が兄だったという記述もあったりで、このあたりの資料不足は深刻です。
政直は井伊氏の家老でしたが、井伊氏の後継者問題を混乱させ、井伊氏一族の直満、直義兄弟を讒訴によって自害させ、その子直親をも手にかけようとした人物です。直親は国許を離れて生き延びましたが、政直が亡くなると帰参を果たし、井伊家当主直盛の養子となりました。
桶狭間の合戦
井伊氏の主家である今川氏は1560年、尾張へと侵攻を開始しました。この戦いは桶狭間の合戦として有名で、今川義元が討ち取られ、今川氏の衰亡が始まります。この戦いで直盛が戦死します。井伊氏の家督は、十代半ばの直親が受け継ぎますが、直親と政次の間には確執がありました。後事を心配した直盛は、分家に当たる中野直由を直親の後見人として指名しました。中野氏も井伊氏の重臣であり、政次としては井伊氏の実権を掌握するのを阻止されたことになります。
しかし政次は、それであきらめることはなく、今度は井伊氏当主自身を亡き者とするための讒訴を行いました。
直親誅殺
桶狭間の合戦の後、三河の松平元康（後の徳川家康）は今川氏から離反して、織田信長と結んで今川領へと侵攻を始めました。今川氏からは離反者が相次ぎ、新当主となった氏真を悩ませていました。
そこで政次が氏真に知らせたのが、直親の謀反です。直親が元康と通じて離反を企てているという知らせを信じた氏真は、井伊氏を討伐する軍を動かそうとしました。直親は申し開きのために駿府へと向かいましたが、途中で今川氏の重臣朝比奈泰朝によって討ち取られました。
父政直と同じようなやり方で邪魔者を消し去ったわけですが、父の時とは事情が異なります。政直は、直満･直義兄弟が武田氏と結んで今川氏に反旗を翻そうとしていると讒訴したわけですが、その時期の武田氏と今川氏の関係は良好でした。
この時期は武田氏では晴信が父信虎を追放するという事件の起きる頃でしたが、その前後にかかわらず、今川氏と武田氏は同盟関係にあります。武田氏と結んで今川氏に背くというのは道理にかなわないことのため、このような讒訴はなかったのではないかとも言われています。
しかし、政次の場合は現実味があります。直親が本当に謀反を企てていなかったとは言い切れない状況です。遠江では他にも離反者が出ており、直親もまた元康に接近していたとしても自然な流れと言えます。
直虎との駆け引きそして獄門
直親が討たれたあと、井伊氏の家督は混乱します。直親には虎松という子がありましたが、まだ赤子であることと、氏真からの処分命令もありました。今川氏の重臣新野親矩によって助命されましたが、家督を継がせるのは難しい状態でした。
おそらくはただ一人残っていた井伊直平（直親の祖父）が当主に返り咲き、直由と協力して政次の動きを封じていたのではないかと思われますが、この二人がこれから立て続けに戦場に倒れていき、女領主直虎が登板することになりました。
政次は今川氏からの要請として、徳政令の発令を直虎に迫りましたが、直虎は発令までの時間を稼ぎ、領内の混乱を抑制しました。氏真は井伊氏から井伊谷を召し上げて直轄統治を望んでいたようです。
それまで今川氏と同盟関係にあった武田氏が、徳川氏と結んで今川領に侵攻するに及んで、政次には新たな命令が与えられます。虎松を片付けて、井伊谷を掌握し、兵を率いて参戦せよと。政次は命に従い、井伊谷城を奪取。直虎や虎松らは寺へ逃れました。
しかし政次の統治は長くは続かず、今川氏から離れて徳川氏についた三人の将によって城を落とされ捕らえられました。家康は政次を獄門にかけ、男児二人も斬首としました。1569年のことです。